[현대경제신문 성현 기자] 셀트리온제약과 세무당국이 벌이는 100억원대 법인세소송에서 최종 승소했다.

대법원 특별2부는 셀트리온제약이 서울 역삼세무서를 상대로 제기한 99억원 규모의 법인세 취소소송 상고심을 지난달 27일 기각했다. 셀트리온제약의 승소다.

이 소송은 셀트리온이 한서제약을 인수하면서 비롯됐다. 셀트리온은 지난 2009년 7월 무선인터넷 서비스업을 하던 코스닥상장사 코디너스를 인수해 사명을 셀트리온제약으로 바꾸고 같은해 8월 비상장 제약사인 한서제약을 635억원에 인수했다.

셀트리온제약은 이후 한서제약의 순자산 공정가액(353억원)과 인수금액의 차액인 282억원을 회계장부에 영업권으로 책정했다.

영업권은 브랜드 가치와 사업노하우, 신용도 등 무형적 재산가치를 말한다.

이에 당시 셀트리온제약의 관할세무서였던 역삼세무서는 셀트리온제약에 법인세 99억9100만원을 부과했다. 셀트리온제약의 작년 영업이익(45억원)의 두배가 넘는 금액이다.

역삼세무서는 “셀트리온제약은 한서제약을 합병하며 영업상비밀 등 영업권으로 장차 수익을 얻을 수 있다고 평가해 인수금액을 산정했다”며 “이 금액은 법인세법상 합병평가차익에 해당해 과세대상”이라고 설명했다.

하지만 셀트리온제약은 이에 반발, 행정소송을 냈다.

셀트리온제약은 “한서제약의 무형적 가치를 평가한 것이 아니라 결합회계준칙에 따라 순자산 공정가액과 합병신주 발행가액과의 차이를 회계상 영업권으로 계상한 것에 불과하다”고 주장했다.

1심을 맡은 서울행정법원 행정11부는 지난 2018년 8월 셀트리온제약의 손을 들어줬다. 원고 승소 판결이었다.

재판부는 “영업권을 과세대상으로 보기 위해선 셀트리온제약이 한서제약의 영업상의 비밀 등에 대한 대가를 지급한 것으로 봐야 한다”며 “이 영업권은 자산인정 요건에 인정되지 않으므로 회계상 영업권을 과세한 것은 위법하다"고 밝혔다.

재판부는 이어 “셀트리온제약이 한서제약을 흡수합병한 것은 회사 규모를 확대하고 안정적인 사업기반을 조성하기 위한 것”이라며 “당시 한서제약의 매출과 주가변동에 비춰볼 때 셀트리온제약이 유형적 자산을 뛰어넘는 특별한 무형가치를 기대해 합병했을 것이라 단정할 수 없다”고 덧붙였다.

2심의 판단도 이와 같았다.

서울고등법원 행정1-1부는 지난해 6월 역삼세무서의 항소를 기각했다.

재판부는 “합병 당시 한서제약에게 특별히 다른 기업들의 통상수익보다 높은 수익을 얻을 수 있는 초과수익력이 있는 영업권의 가치가 인정되어 원고가 한서제약의 영업권에 대하여 사업상 가치를 평가해 대가를 지급했다고 보기 부족하다”고 판단했다.

이어 “한서제약의 우수의약품 제조 및 품질관리기준 적격업체 승인(KGMP)는 의약품 제조업을 영위하기 위해 필수적으로 요구되는 자격인 바 이 승인이 ‘다른 제약사의 통상수익보다 높은 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치’에 해당한다고 보기 어렵다”고 지적했다.

또 “2004년이나 2008년 한서제약의 매출은 중소제약사들의 평균이나 중간값에 미치지 못하고 영업이익률도 다른 중소제약사들의 평균·중간값보다 현저히 높다고도 할 수 없다”고 강조했다.